Valle Fértil fue fundado por Pedro Pablo de Quiroga en el año 1788, en cumplimiento de la instrucción emanada del cabildo de San Juan de la Frontera

Hasta el siglo XVI el territorio cuyano estuvo poblado por comunidades indígenas, entre las que se encontraban los Huarpes, los Capayanes, los Olongastas y los Yacampis.

En San Agustín del Valle Fértil el Centro Cultural Pachamalui, exhibe piezas propias de estas culturas. En la zona se encuentran petroglifos atribuidos a la cultura yacampi y morteros indígenas tallados en piedra.